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Situada en la ciudad de Tombuctú (Mali), que a lo largo de su historia perteneció a los grandes imperios del África Occidental (Ghana, Malí, Songhai), la mezquita de Sankore fue uno de los mayores centros culturales de África y sede de la Universidad de Tombuctú junto con las mezquitas de Djinguereber y Sidi Yahya.

Entre los años 1578 d.C. y 1582 d.C. la mezquita fue reconstruida por el imán Al Aqib. En su reconstrucción se siguió el trazado exacto de la Kaaba en la Meca. Las medidas exactas se consiguieron utilizando cuerdas con las que se había medido previamente la Kaaba.

Los manuscritos que se conservaban en ella demuestran la importancia de la Mali medieval como foco de difusión de cultura y sabiduría.

 Según un proverbio del siglo XVI del África occidental:

"La sal viene del Norte, el oro viene del Sur, y el dinero de los países de los blancos, ... pero los tesoros de la sabiduría provienen de Tombuctú.".